Die Infektion verläuft hauptsächlich über Hautkontakt, bei bestimmten Virentypen primär durch ungeschützten Sexualverkehr (Genital-, Anal- oder Oralverkehr). Die HPV-Infektion ist daher eine der häufigsten durch Geschlechtsverkehr übertragenen Infektionen, oft jedoch bleibt die Ansteckung unbemerkt. Kondome können das Ansteckungsrisiko halbieren. Seltener werden die Viren auch durch gemeinsam benutzte Handtücher, Trinkgläser oder Zahnbürsten übertragen. Im Rahmen einer bereits bestehenden Infektion kann eine Schamhaarentfernung mittels Rasur zu einer Infektion zuvor nicht betroffener Körperregionen führen.
Bei Frauen unter 30 Jahren liegt die Infektionsrate bei bis zu 25 %. Bei über 30-Jährigen beträgt sie immer noch bis 8 %. Die HPV-Infektion heilt häufig innerhalb von Monaten bis hin zu anderthalb Jahren ab. Auch die generelle Immunitätslage der Frau spielt hierbei eine wichtige Rolle, daher haben Raucherinnen ein höheres Risiko.
Allgemeine Zahlen zu den Infektionsraten bei Männern gibt es nicht. Ursache für den Mangel an Zahlenmaterial ist das Nichtvorhandensein regulärer Vorsorgeuntersuchungen in diesem Bereich bei Männern.
Nach einer Infektion können Papillomviren oft jahrelang inaktiv bleiben. Dies gilt sowohl für die Low-risk- als auch für die High-risk-Viren. Das heißt, dass sich auch Wochen bis Monate bzw. bis zu einem Jahr nach einem Sexualkontakt sowohl von heterosexuellen wie auch homosexuellen Paaren Genitalwarzen bilden können und damit die Suche nach dem infektiösen Sexualpartner sehr erschwert wird. Die häufigsten Krankheitsfolgen sind Warzen, besonders Feigwarzen (Condylomata acuminata), und bei Frauen das Zervixkarzinom (Krebserkrankung des Gebärmutterhalses).
